Es setzt eine spezifische Auseinandersetzung des Immunsystems mit SARS-CoV-2 voraus. Da die humorale Antwort transient sein kann und der genaue Zeitpunkt der Infektion häufig unbekannt ist, hat der Nachweis der lang ­anhaltenden zellulären Immunantwort mittels spezifischen Lymphozytentransformationstests (LTT) einen besonderen Stellenwert. Wir können heute zwischen einem hyperinflammatorischen und einem hypoinflammatorischen Post-COVID-Syndrom unterscheiden. Dies kann unter anderem durch die Analyse von bestimmten Zytokinen, aber auch der T-zellulären Immunfunktion, von TH1/TH2/TH17-Reaktionen sowie der NK-Zellfunktion erfolgen. Diese Differenzierung wird in der Zukunft möglicherweise richtungsweisend für unterschiedliche adjuvante Therapieansätze sein (immunstimulierende versus antientzündliche Begleitmedikation). Beim Post-COVID-Syndrom wurden darüber hinaus typische autoimmunologische Phänomene beschrieben. So kann SARS-CoV-2 – wie es auch für andere Viren beschrieben wurde – das Neuauftreten von Autoimmunerkrankungen fördern.

Ein Teil der Patienten entwickelt darüber hinaus Autoantikörper gegen körpereigene Rezeptoren auf der Zelloberfläche, sogenannte G-Protein-gekoppelte Rezeptor-Autoantikörper, die die Rezeptoren ­stimulieren und damit pathophysiologisch und eventuell therapeutisch relevant sind. U. a. wurden Autoantikörper gegen cholinerge und muskarinerge Rezeptoren wie beim Fatigue-Syndrom beschrieben.